Zum 1. Januar 2002 fusionierten die Neuapostolische Kirche Baden-Württemberg und die Neuapostolische Kirche Bayern zur Neuapostolischen Kirche Süddeutschland, K.d.ö.R., mit Sitz in Stuttgart.
Damit ist diese Gebietskirche nach Anzahl der Mitglieder hier zu Lande (ca. 120.000) die größte der neuapostolischen Gebietskirchen in Europa. Überdies sind der Kirchenpräsident, Bezirksapostel Klaus Saur, und die neun Apostel in Süddeutschland verantwortlich für die seelsorgerische Betreuung von ca. 1,2 Millionen neuapostolischen Christen in 30 Ländern. Weltweit bekennen sich zur Neuapostolischen Kirche etwa 10,6 Millionen Christen (Stand Dezember 2003).Die Vereinigung der beiden Körperschaften hatten die Landesversammlungen der Neuapostolischen Kirche Baden-Württemberg, K.d.ö.R., und der Neuapostolischen Kirche Bayern, K.d.ö.R., in ihren Sitzungen vom 19. Oktober 2001 beschlossen. Entsprechend den Landes- bzw. Regierungsgrenzen in der damals noch jungen Bundesrepublik Deutschland waren am 28. Juli 1948 für das Gebiet Nordwürttemberg und am 5. April 1950 für das Gebiet Südwürttemberg der Kirche die Körperschaftsrechte verliehen worden. Mit Wirkung vom 19. Mai 1951 erhielt sie dann die Bezeichnung "Neuapostolische Kirche in Württemberg und Hohenzollern, Körperschaft des öffentlichen Rechts". Die Vereinigung der Neuapostolischen Kirche Württemberg mit der Neuapostolischen Kirche Baden erfolgte zum 1. Januar 1997. Im badischen Landesteil waren der Kirche durch das Staatsministerium des damaligen Freistaats Baden schon am 29. März 1921 die Körperschaftsrechte zuerkannt worden. Die Neuapostolische Kirche in Bayern hatte am 25. Februar 1950 die Körperschaftsrechte erhalten.